广东核酸拷贝数定量数字PCR售后分析

来源: 发布时间:2021-10-10

肺*的EGFR突变检测:EGFR突变目前已成为非小细胞肺*(Non-Small-Cell Lung Cancer,NSCLC)患者常规的伴随诊断,对于EGFR酪氨酸激酶抑制剂(TKI)的使用具有重要的指导作用。然而,由于多数NSCLC都处于晚期,很难取到足够的**组织完成该检测,不方便对患者的疗效和耐药情况进行动态监测。相反,血液、胸水以及脑脊液之类的体液标本中会含有**来源的DNA(Circulating tumor DNA,ctDNA),它们更容易获取,被认为是组织标本的有效替代品。由于体液标本中ctDNA的含量非常低,因此对检测方法提出了很高的要求。近年来,有研究者证实,数字PCR的检测敏感性可以低至0.04%,EGFR突变的血浆检测与组织学检测能够有很好的吻合性,相比于传统的检测方法,数字PCR可以***提高血浆中EGFR突变的检出率。此外,利用数字PCR***定量的优势,可以对血浆中EGFR突变的丰度进行动态监测,这种动态变化与患者使用TKI的疗效密切相关,可以更好的指导患者的***。随着越来越多循证医学证据的出现,NSCLC的血液EGFR突变检测正在成为ddPCR相当有前景的应用方向。原始数据中往往发现阳性信号与阴性背景之间存在许多弱阳性信号。广东核酸拷贝数定量数字PCR售后分析

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数字PCR的技术优势在SARS-CoV-2的核酸检测中得到了完整的体现,在低拷贝病毒样本检测、不同临床样本类型病毒载量定量、样本制备方法评估、病情进展动态监测、参考品制备、环境中病毒浓度监测、病毒突变检测和抗病毒药物评价多个方面均有重要作用:(1)在低拷贝病毒样本检测中,数字PCR相比COVID-19诊断金标准逆转录荧光定量PCR(RT-qPCR)具有更低的检测限和更高的灵敏度。(2)针对不同类型的COVID-19临床样本(如鼻咽拭子、痰液、血液、尿液、粪便、支气管肺泡灌洗液等),使用数字PCR能够有效评估各个类型样本的病毒载量,尽可能选择病毒载量**多的样本以提高检出率。(3)在样本制备方法评估中,利用数字PCR定量不同灭活方法处理前后样本中的病毒量,能够明确处理方法对样本的影响,从而为临床实验室提示比较好样本制备方法。(4)研究人员利用数字PCR定量患者不同时期的样本中的病毒载量,发现在早期和进展期的病毒载量明显高于恢复期的病毒载量,提示动态监测样本中的病毒载量有助于评估疾病的进展。四川高精确度数字PCR共同合作在gDNA长度≥20kb或进行拷贝数变异检测实验时,必须对样品进行酶切处理。

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液滴数字PCR源于乳液PCR( emulsion PCR) 技术,即将DNA模板与连接引物的磁性微球以极低的浓度(比如单拷贝) 包裹于油水两相形成的纳升至皮升级液滴中进行 PCR 扩增,扩增后的产物富集在磁性微球上,收集破乳后进行测序。通过油水两相间隔得到的以液滴为单位的 PCR 反应体系,比微孔板和 IFC 系统更容易实现小体积和高通量,而且系统简单,成本低,因此成为理想的数字PCR技术平台。Vogelstein 及其同事提出的 BEAMing 技术就是一种基于乳液PCR的数字PCR系统。Lu 等也采用 BEAMing 和连接酶反应实现对 mRNA 的定量分析。Zhou 等在 BEAMing PCR 扩增后破乳,将连接不同产物的磁珠包被在聚丙烯酰胺凝胶中制成磁珠阵列进行荧光检测。

CNV(Copy Number Variations,拷贝数变异)研究需要极高的定量精度以区别不同拷贝数之间的微小差异,测序方法适用于高于30%的变异率检测,而qPCR的比较**辨在1.5倍左右,数字PCR通过直接计数目标基因与参照基因( 拷贝数为1的基因,例如RNaseP) 的数目,计算比值,直接得到目标基因的拷贝数可以达到极高的拷贝数分辨精度。除此之外,dPCR在病原微生物检测、microRNA研究、基因表达研究、NGS测序文库的***定量、表观遗传学直接相关的DNA甲基化定量检测、ChIP定量鉴定等领域的应用都令人极为期待,而在转基因成分鉴定、分子标准品精确定量、环境样本检测等具体的应用方向上,已经有大量实验数据和结果证明了dPCR技术的优良性能。通过锁核酸修饰的引物增强了对互补序列的亲和力和特异性,即使是微小表达差异也可以轻松检测。

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尽管dPCR被称作第三代PCR技术,但dPCR技术的广泛应用逐渐显现出一些不足之处。通量不高、操作复杂,同时成本**增加,dPCR似乎还没有找到相对qPCR足够的不可取代性优势。另一方面,dPCR增加了很多技术难点,如何制作成本低廉的芯片,如何集成液滴生成和PCR扩增,如何进行灵敏的信号检测和分析,如何提高自动化程度,实现Sample-In Result-Out。相较于Digital ELISA能够提高免疫检测的灵敏度到fg/mL级别,实现了高敏蛋白的检测,dPCR尽管发展更早,却难以取得Killer Application,或许这也导致了所谓的第三代PCR在很多人看来却没那么“下一代”。低丰度DNA模板分子的精确定量。广东核酸拷贝数定量数字PCR售后分析

整个实验流程可在2小时内完成。广东核酸拷贝数定量数字PCR售后分析

甲基化分析:DNA甲基化是哺乳动物DNA的一种常见表观遗传修饰,它通过调节细胞中的基因表达从而在发育和疾病过程中发挥了重要的作用。异常的DNA甲基化涉及整个基因组的整体低甲基化和位于基因启动子区域和基因间DNA的CpG岛的局部超甲基化,这是人类恶性**中一个常见的表观遗传改变。基于PCR的方法已经被***的应用于DNA甲基化的评估,其原理是先采用亚硫酸氢盐来处理DNA,这会通过脱氨基作用将未甲基化的胞嘧啶转换为尿嘧啶,然后设计与这些DNA进行特异结合的引物和探针进行扩增检测。然而,传统的PCR检测容易受到PCR抑制剂的影响,在非甲基化等位基因的背景下进行稀有甲基化等位基因检测的敏感性有限。而数字PCR是在无数个**的分隔之中进行反应,因此彼此之间较少受到抑制剂的影响,能够对传统方法检测不到的罕见甲基化等位基因进行精细的检测,未来有望将DNA甲基化作为一个具有区域性*变的预测指标或者**风险生物标志物来使用。广东核酸拷贝数定量数字PCR售后分析

与外泌体相关的扩展资料:

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外泌体是指包含了复杂 RNA 和蛋白质的小膜泡 (30-150nm),现今,其特指直径在40-100nm的盘状囊泡。1983年,外泌体***于绵羊 网织红细胞中被发现, 1987年Johnstone将其命名为“exosome”。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体,经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中 。 所有培养的细胞类型均可分泌外泌体,且外泌体天然存在于体液中,包括血液、唾液、尿液、脑脊液和乳汁中。 有关他们分泌和摄取及其组成、“运载物”和相应功能的精确分子机制刚刚开始研究。 外泌体目前被视为特异性分泌的膜泡,参与细胞间通讯,对外泌体的研究兴趣日益增长,无论是研究其功能还是了解如何将其用于微创诊断的开发。