江苏6mA技术服务售后分析

来源: 发布时间:2021-10-19

    N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,在细菌、藻类及植物基因组中***存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。6mA免疫沉淀测序(6mA-IPSeq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找6mA甲基化区域。技术优势全基因组范围鉴定6mA甲基化修饰区域技术方法适合所有物种(一般推荐藻类及植物)科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150。 基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。江苏6mA技术服务售后分析

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    WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织:放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本:室温保存三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、细胞、全血、组织样本:干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;3、FFPE样本:室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA:常规WGBS,不少于2ug;微量WGBS,20ng1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本:常规WGBS,不少于5x10*6个细胞;微量WGBS,5000个细胞1)收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS,洗涤2次,600g离心5分钟;2)***一次离心后,尽量去除上清PBS,保留细胞沉淀;3、全血样本:2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管,避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织:动物组织,30mg以上;植物组织,不同组织。 北京单细胞测序技术服务焦磷酸测序能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测。

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DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现,使得DNA甲基化研究受到***关注,从医学领域扩展到动植物研究当中,同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种,从应用上来分,大致可以分成两类:全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面,我们就这两大类检测技术进行分析比较,以便于在实际的科研工作中进行选择。

industryTemplateDNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。

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技术优势

1、ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能**全基因组部分序列,所获得的杂交信息具有偏向性。

2、对于结合位点分析,ChIP-Seq 通过寻找“峰”,结合分辨率可精确到10~30 bp,而芯片上探针由于长度所限,无法精确定位,即使目前比较高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本,在杂交之前需要进行LM-PCR,但可能导致背景增高,竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq *需要纳克级起始材料,如SOLiD 起始材料可低至20ng。 cfDNA,cell free DNA,就是血液中游离的自身DNA。北京Chip-seq技术服务方案

强化版RRBS技术及应用是高性价比方案。江苏6mA技术服务售后分析

血清甲基化用于乳腺*转移早期筛查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本课题通过RRBS甲基化测序筛选组织(n=31)样本, 确定了18个乳腺*特异性甲基化位点,选择其中6个位点在大样本量血清样本(n=110)中得到进一步验证; 并通过更大量血清样本(n=1344), **终筛选出血清EFC#93甲基化位点为早期诊断和***转移性乳腺*Biomarker。 江苏6mA技术服务售后分析

课题设计—RRBS及高通量BSP测序验证血浆EFC#93甲基化位点。